微生物菌肥有非常多的優(yōu)點，具體表現(xiàn)在以下幾個方面：

微生物菌肥是一種活性肥料，主要依靠微生物在土壤中的繁殖，改變土壤結構，調節(jié)根系菌群，形成有利于微生物生長的新環(huán)境，微生物肥效的發(fā)揮不僅需要微生物本身的活性，還與外界氣候條件密切相關。

通過有益菌的大量繁殖，在植物根系周圍形成優(yōu)勢種群，防止其它有害菌的生命活動，分解土壤有機物，促進土壤顆粒的形成，通過有益細菌的活動疏松土壤，土壤的肥料、肥料、水、水和透氣性得到了很好的調節(jié)，分解土壤中的農(nóng)藥殘留物，避免農(nóng)藥殘留物對下一季度作物造成傷害。植物生長過程也通過根系排放的有害物質進行分解。

微生物菌肥活菌的數(shù)量和強度合適時，微生物菌肥料可以起到正常的作用，其外部條件包括溫度、土壤濕度、土壤養(yǎng)分、光照強度和土壤酸堿度。只有在合適的外部條件下，微生物菌肥料才能起到正常的作用。菌種繁殖大，新陳代謝產(chǎn)生有利于植物生長的元素，從而提高土壤肥力。

可以部分利用空氣中的氮，通過有益菌的生長代謝產(chǎn)生相應的酶和酸，分解土壤中不溶性的磷和鉀肥，成為植物可以吸收的磷和鉀肥，可以大大提高作物對肥料的利用率，在解磷、解鉀的同時，還能促進土壤微量元素的釋放，被作物利用，同時有益菌代謝產(chǎn)生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸，生長刺激物，維他命等。

微生物菌肥在氣候、土壤條件適宜的情況下，進入土壤后，會產(chǎn)生生理活性物質：植物生長激素嘭乙酸、赤霉素和多種維他命等，可以促進細胞分裂，促進植物生長，提前開花，提高品質。一些菌株還分泌一些刺激性維他命，以促進作物生長。